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從我國水產品質量安全問題的發展過程來看，隨著水產養殖規模的擴大、集約化程度的提高，養殖者、養殖環境、養殖方式、良種選育、病害防治、養殖藥品、飼料生產等方面存在的許多矛盾和問題逐漸暴露出來，影響水產品質量安全從水產品質量安全管理要素分析，水產品質量安全事件的主要制約因素表現為：
1、生產者認識不足
　　我國漁業從業人員的受教育水平普遍較低，質量觀念僅停留在水產品的外觀上。如是否鮮活、色澤如何等，而有關漁用藥物和水產養殖病害等方面的知識相對不足。在生產經營中一是為降低養殖成本，使用添加激素的底成本飼料或相對質量差的飼料。二是遇到病蟲災害時，在缺乏科學指導的情況下，往往是病急亂投醫，不嚴格按照有關規定使用藥物。三是養殖場、戶生產、用藥、銷售記錄尚未建立健全。這些都給水產品的質量安全埋下了隱患。
2、漁業設施的落后
　　基本漁業設施建設滯后，特別是養殖池塘，由于開發的時間較長，池中淤泥、魚蝦的排泄物、殘餌及動物尸體、植物碎屑等沉積于池底，形成污染，呈老化狀態，生產條件很難達到健康養殖的需求。這些有機物到了翌年的養成期時，會因為水溫高而大量分解，消耗水中的溶氧，產生各種有毒物質，帶來病害隱患。
4、養殖環境惡化
　　水是養殖生產的核心物質要素，是養殖業發展的命脈。然而隨著工業發展及人口的增加，大量的工業廢水、城市生活污水、農業用藥（有機氯、有機磷農藥，菊脂類農藥等）、化肥（氮、磷肥）等排入江河、湖泊、水庫水域，造成漁業養殖環境惡化。